【ケムスケッチ】便利な機能「化学構造式を自動で描画」

化学フリーソフトとして有名なケムスケッチ。
このケムスケッチには様々な素晴らしい機能があります。
ここではいくつかの、使い勝手の良い便利な機能を紹介したいと思います。
今回はSMILESから構造式の自動描画です。

構造式の自動描画の手順

ケムスケッチは自分で自由に構造式を描くことができる便利なツールです。
でも、複雑な化合物だと自力で構造式を描くのが難しかったり、描くのが面倒な時もあるかと思います。

そんなときは、目的の化合物のSMILESを入力すれば、自動でケムスケッチが構造式を描画してくれます。(SMILESはGoogle検索「トルエン SMILES」などでもヒットしますし、NITE(独立行政法人製品評価技術基盤機構)のページなどから検索できます。)

①酢酸エチルのSMILES： “CC(OCC)=O”
②D-グルコースのSMILES： “[H][C@]([C@]([H])(O)CO)(O)[C@@]([H])(O)C=O”

手順

では、構造式の自動描画の方法を示したいと思います。
以下の手順でケムスケッチが自動で構造式を出力してくれます。

1. 描きたい化合物のSMILESをwikipwdiaやNITE検索等で入手する
2. ケムスケッチの「Tools」タブをクリック
3. その中の「Generate」をクリック
4. 次に「Structure from SMILES」をクリック
5. でてきた入力画面(Source Text)に、SMILESを入力する。
6. 構造式がでてくるので、クリック
7. 描画完了

実施例

実際に化合物を描画したいと思います。
まず「o-ジクロロベンゼン」を描きたいと思います。

o-ジクロロベンゼンのSMILESはwikipediaやNITEのページからClC1=C(C=CC=C1)Clであることがわかります。
これをコピーし、上記手順に従って入力します。

簡単に描くことができました。
もっと複雑な化合物も同じように簡単に描くことができます。

ちなみに上記”スクロース＝ヘキサパルミタート”のSMILESは

OC[C@](O[C@@H]1[C@H](OC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O)[C@H]([C@@H]([C@@H](COC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O)O1)OC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O)OC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O)([C@H]2OC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O)O[C@@H]([C@H]2OC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O)CO

です！